計畫目的
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- 建置、維運高速計算設施及中心使用者高速計算軟硬體環境，並對中心之內外使用者提供電腦使用之諮詢服務，包括一個完整且可靠的個人電腦叢集服務平台。
- 維護及建置對外界使用者提供服務之資訊系統。
- 維持中心內部網路之正常運作，包括對網路設備與光纖網路線路的維護管理，提供高效能網路作業環境。
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國內外高速計算設施發展趨勢
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國際高速計算設施發展摘要如下：
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高速計算已成為提昇國家競爭力的一個重要因子，凡是國家競爭力強的國家，其高速計算的發展越成熟。
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產業的發展，越來越需要高速計算的支援，以縮短產品的開發及上市時程。尤其對高度發展的國家而言，其對高速計算的投資越多，相對的其高附加經濟價值的產出也越多。
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叢集系統的組裝，已漸漸成為硬體製造弱勢國家提昇高速計算能量的重要手段，但高階的高速計算應用，仍需透過個人電腦以外的的叢集系統來完成。
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晶片製造技術的不斷提昇，使得處理器的速度不在是高速計算的瓶頸，相對的硬體間的連結速度、記憶體的大小、以及 I/O 的處理速度及容量，大大的影響到高速計算的品質。
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由於高速計算的硬體規格越來越統一，高速計算的基礎軟體越來越一致，使得同質化的高速計算環境得以透過格網技術來連結，使得計算資源得以分享。
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本中心高速計算主機發展狀況：
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最近10年來本中心主機的計算效能與Top 500電腦中的最大、第500大及平均值的成長曲線如下圖，由圖中可以見到本中心的主機成長曲線大致與Top 500的平均值相近：
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圖一、 本中心與世界500大電腦的成長曲線圖
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資料儲存設施沿革：
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- StorageTek 9310 Tape Library
- IBM 3494 Tape Library
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大型主機設施沿革：
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- IBM ES 9000(1993 ~ 1996)
- Convex 3800(1993 ~ 1998)
- IBM SP2 (1994 ~ 2003)
- SGI Power Challenge XL (1995 ~ 2000)
- Cray J916 (1996 ~ 2000)
- Fujitsu VPP300 (1996 ~ 2003)
- HP SPP2000(1997 ~ 2003)
- SGI Origin 2000(1998 ~ 迄今)
- IBM SMP SP2(1999 ~ 迄今)
- SGI Origin 3800(2001 ~ 迄今)
- IBM P690(2002 ~ 迄今)
- HP Superdome(2003 ~ 迄今)
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計畫主要內容
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維持計算主機的擴充，以支應計算研究的需求
本中心高速計算主機的建置，首先必須要能滿足國科會研究計畫的計算需求，這些計畫橫跨許多領域，因此主機建置必須考量到多重領域不同的需求。鑒於研究所需的計算能量愈來愈大，中心有必要持續進行此方面的建置，才能有效的因應。
另外在國家型計畫與卓越計畫方面，由於是幾個特定領域中最有潛力的研究團隊，由政府集中力量加強投資，以達到學術拔尖，研究卓越的目的。要能確實發揮此一效果，本中心也應該在硬體上加強擴建，並在服務的策略上充分配合，提供足夠的主機容量，才能有效地支應執行這些大型計畫所需的大量高速計算需求。
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發展PC叢集技術，鼓勵研究團隊自建計算主機
理論上把許多廉價的PC組裝起來，便可以用很低廉的價格得到高速計算主機的效能。然而實際上由於缺乏良好的平行計算作業系統，以及PC的穩定性不高，使得PC叢集無法取代一般泛用性的高速計算主機。但在某些特定題目，不同使用群可依自己對計算效能之需求，建置一組最恰當規模之叢集電腦，使得此技術有很高的應用價值。若能就其特定問題建立專屬高速主機，對研究一定會有很大的幫忙。中心若能具有此種專業與經驗，推廣到國內適合的研究團隊，未來並提供後續專業諮詢服務，不只可以使研究團隊獲得足夠的計算能量，有助於高速計算與平行處理技術與應用之普及，又可以抒解目前計算主機的擁擠，同時也可為台灣發展PC叢集產業奠立基礎，可謂一舉多得的事。
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持續引進並維護應用軟體
許多應用軟體價格十分昂貴，並非學校內研究人員可以支應，同時部份軟體需要高速計算主機才能發揮其效能，因此由本中心出面購買並負責年度的更新，讓國內研究人員普遍都可以用網路連線使用，除節省並有效的運用國家整體的研究經費，並透過相關使用及應用技術之引進、建立、累積、整合與推廣，來提升國內之整體研發能力與能量，並為國家培養相關的人才。經過幾年實行下來，本中心已持續引進多個應用軟體，目前已甚有規模，此一功能自應繼續維持。另外將特別注重應用軟體功能的發揮，與正確性的評估，並增加學界研究生的參與，由中心研究人員與學校老師合作進行內部計畫，選定特定軟體進行較專注之研究，使得軟體的使用可以更有效切實，也可促成國內自行發展應用軟體的動機。
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數值資料庫之建置與服務
在資料庫內容方面，將維持現有者並繼續加以擴充，引進新應用領域的物質性質資料庫。並將尋求國內學者之合作，建立本土化學分子資料庫，整理國內學者研究成果，編輯成分子結構，分子性質和分子光譜資料庫，供其他學者利用。同時也將加強推動生物學數值資料庫之建置與服務，建立國內分子序列資料處理所需之軟硬體設施。在推廣上，則會繼續舉辦分子序列分析應用和計算方法的訓練課程與研習會，推廣計算生物學，生物資訊學，結構生物學，以及分子序列分析方法在生物技術研發上的應用。
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